สำนักวิชาการ เป็นหน่วยงานสนับสนุนการเรียนการสอน มีฐานะเป็นสำนักตามโครงสร้างบริหารของมหาวิทยาลัย มีหน่วยงานภายใน 6 ส่วนงาน ได้แก่ ส่วนงานการเรียนการสอนและการสอบ ส่วนงานทะเบียนและประมวลผล ส่วนงานหอสมุด ส่วนงานนโยบาย แผนงาน และประกันคุณภาพการศึกษา ส่วนงานระบบและบริการสารสนเทศ ส่วนงานวิจัยและบริการวิชาการ

มหาวิทยาลัยก่อตั้งในชื่อคือ วิทยาลัยโยนก ได้เปิดดำเนินการเรียนการสอนตั้งแต่ปี 2531 เป็นต้นมา และเปลี่ยนประเภทเป็นมหาวิทยาลัยโยนกตั้งแต่วันที่ 23 สิงหาคม 2549 และเปลี่ยนชื่อสถาบันเป็น มหาวิทยาลัยเนชั่น ตั้งแต่วันที่ 28 พฤศจิกายน 2554